反黑组警长肥沙（林雪 饰），失慎丢掉手枪。这件事非同小可，若是手枪被匪徒用往行凶，肥沙将年夜祸临头。PTU（差人灵活军队）警官何文展（任达华 饰）出于义气，承诺必然会在天亮之前寻回击枪，带几名手下展开了寻枪步履。另外一方面，却在横生枝节：警察Kat（邵美琪 饰）死守规律，对峙要将此事报告请示上级处置；而在统一晚，CID的Madam张（黄卓玲 饰）在接办一单黑社会谋杀案时，思疑肥沙与黑社会有染，由此与PTU产生定见不合。人与人，部分与部分之间的矛盾、争斗和角力，在夜幕中缓缓拉开。而第二天朝晨，揭晓的本相，本来都在他们的料想以外……《六扇门之血虫谜案》讲述了由温兆伦 饰演的神捕叶大人为了寻找宝藏案线索而被害，其徒弟董云飞为了给师傅报仇，在查询案件的同时更是不畏强权，与蓝相爷等为首的一众爱国有识之士，一步步破解敌人的陷阱、冲出迷雾、打破迷局，最终将私吞宝藏而杀害神捕叶国涛的凶手丁鹤天绳之以法。